高新区是原始创新策源地。拥有国家量子实验室、国家深空探测实验室，集聚新型研发机构26个、省级以上企业研发机构158个。引育以中科院、清华大学、北理工等高校院所为背景的科技成果转化企业超110家，重点推进科大赋权试点项目落地，实现科大赋权试点项目80%、“鲲鹏计划”项目近90%落户。万人高价值发明专利258件，位居全国高新区前五。2024年6月，科大讯飞获国家科学技术进步奖一等奖，阳光电源、金星智控获二等奖。2020年8月21日，习近平总书记参观考察安徽省创新馆时，合肥高新区参展企业248户，占比59%；园区参展成果971件，占全部展出成果的73%。
