不动产登记机构对登记申请不予登记的情形有：不动产存在尚未解决的权属争议；不动产的权利超过规定期限等情形。需要注意的是，办理不动产登记，应前往不动产所在地的县级政府设立的不动产登记机构。
一、什么情况下不动产登记机构对登记申请不予登记
以下情况下不动产登记机构对登记申请不予登记：
《不动产登记暂行条例》第二十二条规定，登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
1.违反法律、行政法规规定的;
2.存在尚未解决的权属争议的;
3.申请登记的不动产权利超过规定期限的;
4.法律、行政法规规定不予登记的其他情形。
二、不动产登记在什么地方办
找法网提醒您，不动产登记证明由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构开具。
《不动产登记暂行条例》
第六条
国务院国土资源主管部门负责指导、监督全国不动产登记工作。 县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作，并接受上级人民政府不动产登记主管部门的指导、监督。
第七条
不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理;直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。跨县级行政区域的不动产登记，由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。不能分别办理的，由所跨县级行政区域的不动产登记机构协商办理;协商不成的，由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理。 国务院确定的重点国有林区的森林、林木和林地，国务院批准项目用海、用岛，中央国家机关使用的国有土地等不动产登记，由国务院国土资源主管部门会同有关部门规定。
三、办理不动产登记需要的资料
1.申请书(由不动产登记中心提供);
2.房改房、经济适用房、集资建房批复或通知;
3.土地证原件及档案(单位的土地总证);
4.地籍调查表及土地总证测量图(土地证为手工版的老证需提供);
5.房产证原件(个人);
6.身份证明(包括产权人和受委托人、单位法人);
7.购房花名册(由单位提供);
8.分栋测量图、房产总证或测量报告;
9.株洲市房产分户测量调查表和房屋分层分户平面图;
10.购房协议;
11.其他资料(如属于改制企业则提供相关文件等)。
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