截至2016年，杨凌农业高新技术产业示范区境内及其周边分布的主要河流有渭河、漆水河、湋河。渭河从揉谷镇的姜塬村流入该区，境内11.9千米，多年平均流量136.5立方米/秒，年径流总量46.03亿立方米。漆水河系渭河北岸一级支流，该区内流程8.5千米，多年平均流量4.15立方米/秒，年径流总量1.31亿立方米。湋河系渭河二级支流、漆水河的一级支流，境内流程24.6千米，多年平均流量0.46立方米/秒，年径流总量1448万立方米。
